مجموعه قصر که پیش از این 24 هکتار بود،‌ مجموعه‌ زیبایی را تشکیل می‌داد که در راس آن کاخ فتحعلی شاه قاجار خودنمایی می‌کرد، اما زمانی که ناصرالدین‌شاه روی کار آمد از این مجموعه خوشش نیامد و بیشتر ترجیح می‌داد در کاخ گلستان روزگار بگذراند.
این رضاخان بود که تصمیم گرفت در تهران زندانی رسمی داشته باشد. به‌ همین دلیل نیکولا مارکوف معمار مشهور روسی را به ایران آورد تا طراحی زندان قصر را انجام دهد.
زندان مارکوف دارای 192 اتاق و گنجایش 700 زندانی بود که 96 اتاق آن پنج نفری و بقیه انفرادی بودند. مریضخانه‌ای هم مشتمل بر شش اتاق شش تخته و 16 اتاق یک تخته به‌ همراه باغ و حمام ساخته شده بود.
یازدهم آذرماه سال ۱۳۰۸ زندان قصر شکل گرفت. اولین قربانی نیز خود سازنده بود(!) تیمسار درگاهی، رئیس وقت شهربانی که به جرم دعوت رضاخان به یکی از ۱۹۲ سلول عمومی و انفرادی در جریان افتتاح زندان به حبس محکوم شد.
قصر پس از آن نیز پذیرای نامدارانی شد که عبدالحسین تیمورتاش، نصرت‌الدوله و سردار اسعد بختیاری از آن جمله بودند.
بزرگ‌علوی سرگذشت سال‌های حبس خود و دیگر زندانیان مشهور را در کتاب «۵۳ نفر» در زندان قصر نوشت.
پس از شهریور 20 و استعفای رضاخان و تبعید به جزیره موریس کارکردهای قصر نیز نمایان‌تر شد.
شکل دایره زندان تنها به این منظور به این فرم طراحی شده که هر سه طبقه آن در اثر وجود این فضای خالی و بالکن‌هایی که با حفاظ‌های نرده‌ای پوشیده شدند، در تابستان به شدت گرم باشد و در زمستان سرد؛ سرمایی که تا مغز استخوان زندانیان نفوذ می‌کرده است.
زندان قصر از بدو تأسیس تا سال 1357 (پیروزی انقلاب اسلامی) در طول نیم قرن، آیینه‌ای است در انعکاس تجدد در دوران پهلوی. از یک سو زندانیان عادی در این زندان از حقوق مدنی و تعریف شده‌ای برخوردار شدند و از سوی دیگر در طول نیم قرن زندان قصر به مشهورترین زندان سیاسی کشور تبدیل شد.
زندان قصر در سالهای اخیر توسط شهرداری تهران به باغ موزه‌ای پند آموز تبدیل شده است که بازدیدکنندگان می‌توانند همه روزه از قسمت‌های مختلف آن دیدن کنند.
همچنین حضار می‌توانند ازمحل‌های نگهداری زندانیان سیاسی که حتی دیوارهایش همگی با مهر سکوت عمق فاجعه را به تصویر کشیده و بیننده را تحت تاثیر قرار می‌دهد، دیدن نمایند.
“باغ ایرانی” یکی از بخش های این مجموعه است که با بهره‌گیری از تنوع گیاهی یک فضای شهری دلنشین و یک موزه روباز محسوب ایجاد شده است.
یکی از بخش های اصلی، “موزه تاریخ انقلاب اسلامی ایران” است. این موزه تصویری است از مبارزات مردم در دوران ستمشاهی و بخش دیگر “موزه زندان” است که بازسازی عینی فضای زندان از اتفاقاتی است که در دوره رژیم ستم شاهی افتاد و هم محلی برای تصویر برداری مجموعه های سینمایی.
از دیگر بخش های این باغ موزه می‌توان به مسجد، زورخانه قصر، باغ های ایرانی، کتابخانه مرکز تحقیقات، گالری های مختلف، فضاهای نمایشگاهی و فرهنگی چایخانه و سفره خانه سنتی، مراکز عرصه محصولات فرهنگی، بازارچه محصولات هنری و صنایع دستی اشاره کرد.
همچنین شهروندان می‌توانند در محدوده زندان، از فضای سبز و بوستان و مجموعه‌های فرهنگی ورزشی موزه بازدید کنند.
از زندان قصر بخش‌هایی باقی مانده تا خاطرات این محل تاریخی به فراموشی سپرده نشود؛ از جمله این فضاها می‌توان به زندان مارکف و سیاسی و ساختمان روبروی درب اصلی همراه با برج نگهبانی و نورگیر اشاره کرد.
همچنین ساختمان بند جوانان نیز حفظ شده است. برج دیده‌بانی و منبع آب در شمال شرقی زندان، ساختمان واحد برق در شمال غربی و ساختمان مدرسه اندرزگاه 12 یا بند کارگری نیز حفظ شده است.
زندان مارکوف با مساحتی بالغ بر 8800 متر مربع از فضاهای متنوعی همچون مرکز اسناد، تصاویر و اشیاء تاریخی، نمایشگاه، گالری موسمی، کافه گالری و سالن اجتماعات چند منظوره تشکیل شده است.
مسجد،کتابفروشی دائمی (با مضامین تاریخ انقلاب و مبارزات سیاسی و کتب مرتبط با زندان) و زورخانه از دیگر قسمتهای این مجموعه محسوب می‌شوند.
گالری تصاویر و اسناد مربوط به مرمت و بازسازی موزه به عنوان یکی از دستاوردهای شهرداری تهران برای استفاده محققان، استادان، دانشجویان و پژوهشگران قابل استفاده است و ساختمان زندان سیاسی با مساحتی در حدود 5 هزار متر مربع دارای فضاهای گوناگون و متنوعی است که روایتگر تاریخ انقلاب و مبارزان انقلاب اسلامی است که این ساختمان نیز شامل محل زندان‌ها، کتاب‌خانه، مرکز مطالعات و موزه است.
همچنین حسینیه، رستوران و کافی شاپ نیز دیگر قسمت‌های این مجموعه را تشکیل می‌دهد و سه حیاط موجود در زندان قابلیت پخش فیلم و نماهنگ و ویدئوهای مفهومی دارند.